Zasady tej gry są dokładnie takie same jak każdej innej gry PBF, fabuła gry zaczyna się w Hiszpanii i Ameryce Północnej, w Hawanie, Nassau, Bostonie i Nowym Jorku. Od wieków Asasyni toczą wojnę z Templariuszami, w której cierpią obydwie strony. Jednakże od niedawna Templariusze wygrywają konfrontację odpierając siły Asasynów do swoich kryjówek, we wszystkich miastach gromadzi się brud i śmierć, mieszkańcy są mordowani przez wojska Templariuszy, pod dowództwem drugiego syna Haytham'a Kenway'a - Bruce'a. 7 lat po śmierci Connora, 10 lat po śmierci Haythama Bruce przejął władzę nad Zakonem, pokonując Bractwo. TY możesz zmienić bieg historii, dołączając do Bractwa Asasynów i pokonując Templariuszy, LUB dołączyć do Templariuszy i potępić wrogów.